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ERP系统构建的统一的平台，为内控数据的提取、传输和校验等工作提供了方便，提高了工作效率。统一的操作流程和量化的控制目标，让管理人员在控制点上判断客观直接，可操作性加强。整个操作流程公开公平，有错误或舞弊也能一目了然，并有据可查。
当然，ERP系统仅是内部控制的一种辅助手段，它为企业实施内控提供了便捷，而其本身也还存在一些问题。
一、安全性问题
计算机功能强大，但又很脆弱，且网络是一个开放的环境，不可避免地会受到来自系统内外的恶意侵入，以致造成很大损失。为此企业领导要强化信息安全意识，对员工加强信息安全教育，完善系统的安全管理，对操作人员加强必要的监督，严格规定系统维护人员不得参与审批，定期对系统权限进行检查，关键用户的密码要定期更换，切实保证系统的安全性。
二、控制成本问题
由于企业内控会随着企业经营内外环境的变化而做出相应的调整。这就需要对ERP系统中的设置及时进行更新，这无疑又会增加企业实施内控的成本。但为了保证内控全面有效的实施，合理的成本支出也是必要的。
三、与原有资源接口问题
一般企业在ERP系统实施之前都已有其他的信息系统，为了将企业原有的资源和数据都利用起来，ERP系统和其他系统之间的接口是实现不同系统间数据互联互通的必需。这些位于不同系统之间的接口是一个重要的风险区域。由于不同系统的数据格式可能完全不同，为了实现数据的传递，就需要进行一系列的转换。这就要求针对不同的技术平台和特点开发不同的接口，这些接口会产生新的控制方面的问题和风险。
综上所述，利用ERP系统进行企业内部控制管理有利有弊，但总体而言，相对于传统人工控制优势明显，将对内部控制产生广泛而深远的影响，是企业内部控制进一步完善的标志。企业在应用这一系统的过程中，应该注意权衡上述各项利弊得失，根据环境条件的变化对ERP系统适时进行调整，使其成为企业规范管理、健康成长的有力保障。
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